A Szimbiózis Alapítvány gazdálkodása több szintű, külső és jogszabályon alapuló ellenőrzés alatt áll.

A közpénzek és állami támogatások felhasználását a Magyar Államkincstár (MÁK) ellenőrzi a vonatkozó pénzügyi és elszámolási szabályok szerint. A szervezet működésének és gazdálkodásának törvényességét az Állami Számvevőszék (ÁSZ) vizsgálhatja, az államháztartási és közpénzügyi előírások betartása érdekében. Emellett a civil szervezetek törvényességi felügyeletét a területileg illetékes Kormányhivatal látja el.

A Szimbiózis Alapítvány gazdálkodása a hatályos jogszabályoknak megfelelően, átlátható módon, rendszeres beszámolási és ellenőrzési kötelezettségek mellett működik.